これ、ずっと気になってた。認証鍵でやる方法もあるようだけれど、２FAの方がいいなぁ、出来ないかなぁと。ググったら、一発で出来た（苦笑）。なんだできるんじゃん！
（こちらを参考にした。ていうかまんまでOK）
Enabling 2FA for Cockpit -Old Guy Self Hosting
以下自身の為にメモっとく。
Ｃontents >>>>>>>>
Google認証をInstall
apt updateとかして更新した後
$ sudo apt install libpam-google-authenticator -yでInstall。起動する
$ google-authenticatorすると（Cockpit経由の端末でも）↓こんな感じにQRコードが表示されるのでスマホアプリのGoogle Authenticatorで読み込んで登録。
QRコードを読み込んだ後６桁のコードを入力し、いくつか質問が出てくるので全てに「y」と答えて準備完了。
Cockpitへ設定
/etc/pam.c/cockpitを編集（nanoでやってるがviでもなんでも好きなのでどうぞ）
$ sudo nano /etc/pam.d/cockpit末尾に１行追加する
auth required pam_google_authenticator.so nullokcockpitを再起動
$ sudo systemctl restart cockpitでけた
いつものログイン画面
ユーザ名とパスワードを入れてログインを押す。ここまでは同じだが次にもう一枚出てくる
これだ。ここにスマホのGoogle Authenticatorのコードを入力して再度ログインを押すとやっとログインできる。うれし :-)