mojaveでも起きてましたが、ググってみると起きる人はもっと前から起きるみたい。
まず疑いたいのはケーブル。低品質なケーブルや不良だと通信や必要な電力・電圧が安定せずに取り外された状況になってしまうというもの。電気の瞬断みたいな感じ。
次に疑うのはHubやDock経由ならそれ。古くなってたりして同じく必要な電力・電圧が安定しなくなっている可能性。安物に多いので疑ってみてもいいかと思う。うちではAukeyのHubで症状がでて、BelkinのHubで改善。
次にMac側のPRAMリセットやPMUリセットが有効な場合があります。
Ｃontents >>>>>>>>
それでもダメなら
コピペ記事が多くここを記載しているところが少ないので、誰かの役に立つかもですので、あげときます。先述のことを上から順番に試してもだめ、HubもDockも新しい、Macもあたらしい、Macの本体ポートに繋いでんだけどなぁ・・・？って場合。
この場合、Macのポートによって挙動が違ったりする場合があります。うちでもまさに「それでもダメ」で、HubもDockも新しく、どちらもセルフパワー、ケーブルは高品質な新品ケーブルでダメ。うーん・・・なにかなぁ・・・って探っていったら、なんのことはない、Macのポートへの挿した順番を変えてみたりするだけで落ち着きました。ちなみにうちの現在の構成。
EthernetのSwitching Hubでも通信がおかしくなったときにポートを差し替えたりしますが、それと似た様な話かもですねぇ。ちょっとそれとは違うと思ったのはさす場所によって相性がある感じで、Dockはここのポート、eGPUはここのポート、というふうにそれぞれ安定するポートがなぜかあったりします。その組み合わせを見つけるのが地味に大変だったりしますが（苦笑
ちなみにうちの場合安定した組み合わせは、Mac mini 2018のポート後ろから見て左から、電源、Ethernet（使わず）、Thnderbolt3（eGPU）、Thunderbolt3（CalDigit Dock）、 Thunderbolt3（NVMe SSD）、Thunderbolt3（Belkin USB3.0 Hub）、HDMI（メインモニタ）、USB3.0（外付け140mmファン）、USB3.0（YAMAHA MG10XU）という具合です。
2019.12.17追記
macOS catalina 10.15.2を適用したらまた「不正な取り外し・・・」が頻発というほどでもないけれど出る様になりました。が、PRAMのリセットだけで落ち着きました。一応追記しておきます。
2020.10.10追記
で書きましたが、SSDを換えたら、ビタっと安定しました。以後一度も不正な取り出しは出てません。Thunderbolt3とSSDケース周りで「不正な取り出し」が起きてたらケースとの相性というか、SSDが無理な速度だしててSSDのケースのコントローラも目一杯こたえようとして・・・とかそんなイメージかなぁと想像してはいますが、未検証です。でも解決したのでそれ以上は調べてません（苦笑
SSD自体の所為かも（と、ケースの組み合わせ）というのは一つの原因として頭に入れといた方が良いかも、デス。
さらにこちらも参照のこと